與本法第五十四條第二項第一款案件有刑事訴訟法第七條第一款所定相牽連關係之第一審管轄權屬於地方法院之其他刑事案件，經檢察官分別起訴者，應分由第一審智慧財產法庭、該管地方法院管轄。

與本法第五十四條第二項第一款案件有刑事訴訟法第七條第二款至第四款所定相牽連關係之第一審管轄權屬於地方法院之本法第五十四條第一項案件，得合併由第一審智慧財產法庭管轄。

與本法第五十四條第二項第一款案件有刑事訴訟法第七條所定相牽連關係之第一審管轄權屬於地方法院之本法第五十四條第一項案件，未經檢察官合併起訴者，得依刑事訴訟法第二百六十五條規定向第一審智慧財產法庭追加起訴。

與本法第五十四條第二項第二款案件有刑事訴訟法第七條第一款所定相牽連關係之第一審管轄權屬於高等法院之其他刑事案件，經檢察官分別起訴者，應分由第二審智慧財產法庭、該管高等法院或其分院管轄。

與本法第五十四條第二項第二款案件有刑事訴訟法第七條第二款、第四款所定相牽連關係之本法第五十四條第一項、第二項第一款案件，得合併由第二審智慧財產法庭管轄。

營業秘密刑事案件，法院得於第一次審判期日前，傳喚被告或其代理人，並通知檢察官、辯護人、輔佐人到庭，行準備程序，確認起訴效力所及之營業秘密範圍，並適用本法第五十六條及刑事訴訟法第二百七十三條第一項規定。

地方法院就起訴之犯罪事實，變更檢察官所引應適用之法條為本法第五十四條第一項規定之刑事案件而為裁判，當事人不服該裁判而上訴或抗告時，地方法院應將其上訴或抗告之案件送交第二審智慧財產法庭。

與本法第五十四條第一項案件有刑事訴訟法第七條第二款至第四款所定相牽連關係之其他刑事案件，經地方法院合併裁判，其提起上訴或抗告者，應分別向第二審智慧財產法庭、該管高等法院或其分院為之。

與本法第五十四條第二項第一款案件有刑事訴訟法第七條第一款所定相牽連關係之第一審管轄權屬於地方法院之其他刑事案件，經第一審智慧財產法庭合併裁判，其合併上訴或抗告於第二審智慧財產法庭者，不適用本法第五十八條第二項但書之規定。

本法第五十四條第一項及第二項案件經依刑事訴訟法第一百六十一條第二項、第三百二十六條第三項裁定駁回起訴或自訴者，於原告聲請時，應將其附帶民事訴訟移送管轄法院之民事庭。

本法第六十三條第三項視為撤銷移送之裁定，法院應以適當方法通知附帶民事訴訟當事人及關係人。

第四十條、第四十四條至第五十六條規定，於審理本法第五十四條第一項、第二項案件或其附帶民事訴訟時，準用之。