國境事務大隊掌理事項如下：
一、入出國（境）證照之查驗、鑑識及許可。
二、國境線入出國安全管制及面談之執行。
三、國境線證照之核發及生物特徵資料之建檔。
四、國境線違反入出國及移民相關法規之調查、過境監護、逮捕、暫予收容、移送及遣送戒護。
五、證照鑑識及查驗之教育訓練。
六、其他有關國境事項。