指揮管制科掌理事項如下：
一、防空情報之蒐集、傳遞、運用與空襲警報及燈火管制命令之接受、發放。
二、敵對或不明航空器、船艦、空降部隊動態之通（查）報及與有關單位之聯繫。
三、防情特勤及防空情報之傳遞。
四、防情值勤查察、考核。
五、空軍作戰指揮部空中管制中心（ACC） 民防聯絡員之派遣、督導及考核。
六、重大事故及風紀案件之摘報、處置。
七、其他有關指揮管制事項。