本署設下列組、室、大隊：
一、國土計畫組，分四科辦事。
二、都市計畫組，分三科辦事。
三、建築管理組，分四科辦事。
四、住宅發展組，分五科辦事。
五、都市更新建設組，分五科辦事。
六、都市基礎工程組，分五科辦事。
七、下水道建設組，分四科辦事。
八、下水道永續營運組，分四科辦事。
九、營建管理組，分四科辦事。
十、秘書室，分三科辦事。
十一、人事室。
十二、政風室。
十三、主計室，分四科辦事。
十四、資訊室。
十五、建築工程大隊，分五隊、十二分隊辦事。