工程事務科掌理事項如下：
一、上級機關工程督導之辦理與履約爭議、調解、仲裁、訴訟及國家賠償等案件之管制、追蹤、考核。
二、工程施工品質、進度管考與職業安全衛生督導及教育訓練業務之辦理。
三、工程採購招標、訂約、議（比）價、採購資訊公告與異議及申訴之辦理。
四、工程開工、停工、復工、竣工、估驗計價、變更設計、結算、驗收及決算之審核。
五、工程採購與工務行政標準作業程序及文件之擬訂。
六、其他有關工程事務事項。