私立身心障礙福利機構應建立會計制度，各項支出在新臺幣一萬元以上者，應使用票據支付；年度決算金額在新臺幣三千萬元以上者，應由會計師簽證；其所接受捐贈之財務，並應定期公告徵信。

私立身心障礙福利機構之會計基礎，採權責發生制為原則。但平時得按現金收付制處理，於年終結算時採用權責發生制調整，並應設置帳簿，詳細記錄有關會計事項。