本基金之來源如下：
一、由政府循預算程序之撥款。
二、住宅租售及相關業務收益款。
三、原住民族土地賠償、補償、收益款、土地資源開發營利所得及相關法令規定之提撥款。
四、原住民族地區溫泉取用費提撥款。
五、全部原住民族取得之智慧創作專用權收入。
六、原住民族就業基金收入。
七、人體研究計畫諮詢及取得原住民族或其所屬特定群體（以下簡稱目標群體）同意，約定就研究結果所衍生商業利益之回饋金。
八、受贈收入。
九、本基金之孳息收入。
十、其他有關收入。