本基金設原住民族綜合發展基金管理會（以下簡稱本會），置委員九人至十五人，其中一人為召集人，由原民會副主任委員兼任之；其餘委員，由原民會就有關機關、團體代表及學者、專家聘兼之；任一性別委員比例不得低於三分之一；任期為二年，期滿得續聘之。