本部設下列司、室：
一、戰略規劃司，分四處辦事。
二、資源規劃司，分三處辦事。
三、法律事務司，分四處辦事。
四、整合評估司，分三處辦事。
五、總督察長室，分四處辦事。
六、國防採購室，分五處辦事。
七、政務辦公室，分五處辦事。
八、人事室。
九、政風室，分三科辦事。
十、主計室。

本部得視軍事需要，在法定員額內，就前項單位酌減或增設其他必要單位及於處、室下設二十三科辦事。