本院設下列部、中心、科、室：
一、內科部，分十科辦事。
二、外科部，分九科辦事。
三、骨科部，分四科辦事。
四、婦女醫學部，分三科辦事。
五、兒童醫學部，分五科辦事。
六、復健醫學部，分二科辦事。
七、放射線部，分七科辦事。
八、精神部，分三科辦事。
九、急診部，分四科辦事。
十、眼科部，分四科辦事。
十一、耳鼻喉頭頸部，分三科辦事。
十二、放射腫瘤部，分二科辦事。
十三、病理檢驗部，分四科辦事。
十四、家庭醫學部，分三科辦事。
十五、麻醉部，分四科辦事。
十六、口腔醫學部，分四科辦事。
十七、重症醫學部，分二科辦事。
十八、藥學部，分三科辦事。
十九、護理部。
二十、教學研究部，分三科、一組辦事。