本局設下列組、室及稽徵所：
一、營所稅組，分三股辦事。
二、綜所遺贈稅組，分三股辦事。
三、銷售稅組，分四股辦事。
四、法務組，分三股辦事。
五、綜合行政組，分四股辦事。
六、徵收及資訊組，分五股辦事。
七、秘書室，分三股辦事。
八、人事室，分三股辦事。
九、政風室，分二股辦事。
十、主計室，分四股辦事。
十一、監察室，分三股辦事。
十二、民雄稽徵所，分四股辦事。
十三、佳里稽徵所，分四股辦事。
十四、新化稽徵所，分五股辦事。
十五、安南稽徵所，分四股辦事。
十六、東港稽徵所，分三股辦事。
十七、潮州稽徵所，分四股辦事。
十八、恆春稽徵所，分二股辦事。