業務二組掌理事項如下：
一、保稅貨物與新竹科學園區進出園區貨物及郵遞貨物之通關。
二、報單審核及報單副本之核發。
三、報關業、運輸業、承攬業及貨棧業之設立、變更登記及管理。
四、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店設立、變更登記之處理。
五、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店、自由貿易港區與科學園區事業之監管、貨物查核及帳冊管理。
六、優質企業之認證、驗證及管理。
七、侵害智慧財產權案件之處理。
八、違章及行政救濟案件之處理。
九、其他有關保稅及新竹科學園區通關事項。