機動稽核組掌理事項如下：
一、進口、出口、轉運、轉口貨物（櫃）與郵遞貨物之抽驗及複驗。
二、入出境旅客及航員之行李抽檢。
三、查緝案件、緊急事件之處理。
四、旅客情資管理、情資蒐集分析及市面查緝。
五、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。
六、私貨倉庫及保稅相關處所貨物之抽核。
七、進口報單放行後之抽審與複審及事後稽核案件之處理。
八、違章及行政救濟案件之處理。
九、其他有關機動查緝及稽核事項。