適用本辦法之民間機構未能於第五條規定期限內檢齊文件而有正當理由者，得於該條規定期限內提出補送文件之申請，並應於該條規定期限屆滿之次日起九十日內補送齊全。

民間機構逾第五條規定之申請期限或前項規定補送文件之期限者，財政部仍得於本法第三十六條規定自有課稅所得之年度起五年免納營利事業所得稅之獎勵期間內，就賸餘期間核定免稅。但賸餘期間不足一個月之畸零日數，不予獎勵。

前項賸餘期間，自應送文件檢齊之當日起算。