物流中心業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第九十條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下期間保稅貨物進儲或廢止其登記：
一、違反第四條規定進儲貨物。
二、違反第五條第一項第三款、第四款或第五款規定。
三、未依第九條第一項或第二項規定進儲。
四、未依第九條之一規定辦理。
五、違反第十五條實施自主管理應遵行事項。