免稅商店之自主管理事項包括下列各項：
一、免稅商店及免稅商店之市區預售中心之巡視。
二、免稅商店設有門鎖者之啟閉。
三、保稅倉庫移倉貨物進儲之點驗。
四、保稅貨物運回保稅倉庫之加封。
五、出境旅客預購貨物進儲機場、港口管制區提貨處之加封及啟封作業。
六、出境旅客預購貨物逾六個月未提領或退貨案件，運回市區免稅商店或免稅商店市區預售中心之加封。
七、使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。
八、各種有關報表文件之編製、核對簽章、造送、登記、整理、歸檔及保管等工作。
九、違章異常案件之報告。
十、其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。