專營電子支付機構收取使用者之支付款項，應確實於使用者之電子支付帳戶或儲值卡內記錄支付款項金額，存入其於專用存款帳戶銀行開立之相同幣別專用存款帳戶。

專營電子支付機構對於支付款項，應與其收益計提金分別儲存及管理。

專營電子支付機構儲存於跨行業務基金專戶之款項餘額，視為存入清算帳戶之支付款項。

專營電子支付機構對於使用者以存款轉帳、匯款及銀行臨櫃存入現金方式收受之支付款項，應直接存入專用存款帳戶。

專營電子支付機構對於每日記錄於使用者電子支付帳戶之代理收付款項，最遲應於次一銀行營業日內存入專用存款帳戶。但利用信用卡透過電子支付帳戶或儲值卡進行支付之代理收付款項，不在此限。

專營電子支付機構儲存於管理銀行之代理收付款項每日餘額，不得低於前一銀行營業日全部專用存款帳戶代理收付款項總餘額之百分之五十；如有不足者，專營電子支付機構應於當日補足。

專營電子支付機構存入清算帳戶及跨行業務基金專戶之款項餘額，納入前項管理帳戶之代理收付款項餘額規定之計算。

專營電子支付機構依本條例第二十一條第一項規定將支付款項交付信託，經與管理銀行約定應儲存於管理帳戶及合作帳戶之代理收付款項比例，得不適用第二項規定。

專營電子支付機構應依代理收付款項總餘額，與管理銀行約定一定比例之金額，自管理帳戶或合作帳戶撥入清算帳戶；如有不足者，專營電子支付機構應於當日指示管理銀行補足，並適時評估前項約定比例之適當性，必要時應予調整。

專營電子支付機構應配合金融資訊服務事業作業機制，確保於跨行業務基金帳戶之款項餘額足以支應跨機構間支付款項帳務清算需要。

專營電子支付機構應將每日記錄之使用者儲值款項，於次一銀行營業日內全額存入管理帳戶、清算帳戶或跨行業務基金專戶。但利用信用卡透過電子支付帳戶或儲值卡進行支付之儲值款項，不在此限。

專營電子支付機構依本條例第二十一條第一項規定將支付款項交付信託，經與管理銀行約定應儲存於管理帳戶及合作帳戶之儲值款項比例，得不適用前項規定。

專營電子支付機構依本條例第二十一條第一項規定將支付款項交付信託，其對於本條例第二十二條第二項各款規定支付款項之運用，應指示管理銀行辦理。

專營電子支付機構依本條例第二十二條第六項規定所補足之款項，應存入管理帳戶。

專營電子支付機構依本條例第二十二條第二項各款規定運用支付款項完結時，應將原運用支付款項扣除前項所補足款項之餘額，存入管理帳戶。

專營電子支付機構或受託銀行對於依本條例第二十二條第二項及第三項運用支付款項所生孳息或其他收益，應於取得收益後五個營業日內依本條例第二十二條第四項規定，將應計提金額存入收益計提金帳戶。

專營電子支付機構與使用者約定，自該使用者之支付款項中扣抵所收取手續費、管理費及其他相關費用收入，專營電子支付機構應指示管理銀行透過管理帳戶存入自有資金帳戶。

專營電子支付機構得指示管理銀行以管理帳戶辦理支付款項之自行或跨行轉帳支付作業，或將管理帳戶之支付款項調撥轉入合作帳戶或清算帳戶。

專營電子支付機構得指示合作銀行以合作帳戶辦理支付款項之自行轉帳支付作業，或將合作帳戶之支付款項調撥轉入管理帳戶或清算帳戶；專營電子支付機構依本條例第二十一條第一項規定將支付款項交付信託，並應符合下列規定：
一、管理銀行與合作銀行簽訂契約，就本項作業之辦理，約定雙方之權利、義務及責任。
二、管理銀行得隨時向專營電子支付機構查詢本項作業之辦理情形。
三、專營電子支付機構應配合提供相關資訊或報表予管理銀行進行支付款項帳務核對。

專營電子支付機構於清算帳戶逾第二十條第一項規定與管理銀行約定一定比例之款項餘額，得指示管理銀行調撥轉入管理帳戶或合作帳戶。

專營電子支付機構依本條例第二十二條第一項第一款及第二款辦理支付款項之動用，有資金調撥之需要，應透過管理帳戶調撥至各合作帳戶或清算帳戶，不得調撥至合作帳戶及清算帳戶以外之其他銀行帳戶。

專營電子支付機構依前項辦理資金調撥所產生之費用，不得由使用者負擔。

專營電子支付機構除有下列情形外，不得將專用存款帳戶款項撥轉予其他電子支付機構：
一、電子支付機構支付款項結清算。
二、第三十條規定之情形。

專營電子支付機構應以網路查詢或系統介接方式，與管理銀行建立支付款項帳務核對機制，區分代理收付款項及儲值款項，於每一銀行營業日與管理銀行核對支付款項餘額、各合作帳戶餘額、清算帳戶餘額及在途款項餘額，並留存核對紀錄至少五年。

前項所列餘額之時間，以每日二十三時五十九分五十九秒為基準。

第一項之支付款項帳務核對機制，應由專營電子支付機構開放資訊系統查詢功能，提供管理銀行得隨時進行帳務核對，其核對範圍至少應包括下列項目：
一、代理收付款項金額。
二、儲值款項金額。
三、在途款項金額。
四、提領款項金額。

專營電子支付機構每月應彙總各專用存款帳戶餘額及依主管機關要求報送之資料，於次月起五個銀行營業日內報送管理銀行。

專營電子支付機構如無法就管理銀行依第一項規定之核對結果提出合理說明或證明者，專營電子支付機構應於接獲管理銀行通知之次一銀行營業日內補足款項。

專營電子支付機構或受託銀行辦理管理帳戶之銷戶，原管理帳戶支付款項應全額存入新開立之管理帳戶或受讓、承受其業務之其他電子支付機構之帳戶。

專營電子支付機構或受託銀行辦理合作帳戶之銷戶，原合作帳戶支付款項應全額存入管理帳戶。

專營電子支付機構或受託銀行辦理清算帳戶之銷戶，原清算帳戶餘額應全額存入新開立之清算帳戶或受讓、承受其業務之其他電子支付機構之帳戶。

專營電子支付機構辦理收益計提金帳戶之銷戶，原收益計提金帳戶款項應全額存入新開立之收益計提金帳戶或受讓、承受其業務之其他電子支付機構之帳戶。