本署設下列組、室：
一、運動產業及企劃組，分三科辦事。
二、學校體育組，分三科辦事。
三、全民運動組，分三科辦事。
四、競技運動組，分三科辦事。
五、國際及兩岸運動組，分二科辦事。
六、運動設施組，分三科辦事。
七、秘書室，分二科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。