自然科學教育園區管理中心掌理事項如下：
一、各園區生態復育計畫、生態教育與生物多樣性維護之教學活動規劃及研究。
二、各園區珍貴特殊地質資產、地震遺址之保存與教學活動、學術研究計畫、學術研究活動之擬訂及規劃。
三、地球科學、地震知識與生命教育推廣活動計畫之研擬及執行。
四、各園區特展、紀念活動、學校與社區重建活動之規劃及執行。
五、各園區解說導覽設施內容之規劃設計、執行及導覽人員、志願服務工作人員之訓練。
六、天然災害防救教育之推廣及研究。
七、其他有關管理中心工作事項。