本館設下列組、室、中心：
一、生物學組。
二、地質學組。
三、人類學組。
四、科學教育組，分二科辦事。
五、展示組，分二科辦事。
六、營運典藏與資訊組，分四科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、自然科學教育園區管理中心，分三科辦事。