主管機關對於公有考古遺址之補助項目如下：
一、考古遺址之調查研究等相關事項。
二、考古遺址發掘、監管及活化利用（遺址公園或遺址文化園區、出土遺物典藏展示空間及設施設備等）之規劃設計、監造及施工等相關事項。
三、考古遺址之出版、教育宣導、人才培訓及其他專案計畫。