監督機關對本院之監督權限如下：
一、發展目標及計畫之核定。
二、規章、年度業務計畫與預算、年度執行成果及決算報告書之核定或備查。
三、財產及財務狀況之檢查。
四、業務績效之評鑑。
五、董事、監事之遴聘、解聘及建議。
六、董事、監事於執行業務違反法令時，得為必要之處分。
七、本院有違反憲法、法律、法規命令時，予以撤銷、變更、廢止、限期改善、停止執行或其他處分。
八、自有不動產及無形資產之處分或其設定負擔之核可。
九、年度整體多元資金統籌計畫之核可。
十、其他依法律所為之監督。

監督機關應邀集有關機關代表、學者專家及社會公正人士，辦理本院之績效評鑑，其中學者專家及社會公正人士之人數不得少於三分之二，且任一性別不得少於總人數三分之一。

前項績效評鑑之方式、程序及其他相關事項之辦法，由監督機關定之。

績效評鑑之內容如下：
一、本院年度執行成果之考核。
二、本院業務績效及目標達成率之評量。
三、本院年度自籌款比率達成率。
四、本院經費核撥之建議。
五、其他有關事項。

本院應擬訂發展目標及計畫，提經董事會通過後，報請監督機關核定。

本院應訂定年度業務計畫及預算，提經董事會通過後，報請監督機關備查。

本院於會計年度終了後三個月內，應將年度執行成果及決算報告書，委託會計師查核簽證，提經董事會審議，並經監事會通過後，報請監督機關備查，並送審計機關。

前項決算報告書，審計機關得審計之；審計結果，得送監督機關或其他相關機關為必要之處理。