本基金之收支、保管及運用，應設毒品防制基金管理會（以下簡稱本會），置委員十三人至十七人，其中一人為召集人，由本部部長兼任；一人為副召集人，由本部次長兼任；其餘委員，除由本部就下列人員聘（派）兼外，得視本基金之推動方向、政策重點及業務需要，就相關機關（構）、民間團體代表及有關人員聘（派）兼之：
一、本部代表一人。
二、衛生福利部代表一人。
三、教育部代表一人。
四、勞動部代表一人。
五、內政部代表一人。
六、行政院主計總處代表一人。
七、專家、學者五人。

本會委員任一性別比例，不得少於委員總人數三分之一。