各分署掌理下列事項：
一、區域性水資源調查、規劃與計畫之擬訂及執行。
二、區域性水資源調配之協調、水權登記與管理、用水計畫審查及基金之管理運用。
三、轄管水庫設施之安全檢查、維護、經營管理與水庫蓄水範圍之保育、治理及管理。
四、區域性水資源工程之興辦及既有設施之更新改善。
五、區域性海水淡化工程之興辦、維護、經營管理及既有設施之更新改善。
六、其他有關區域水資源開發、利用及管理事項。