工務科掌理事項如下：
一、年度工程計畫之擬訂、提報及執行。
二、各項防汛、搶險、搶修與復建工程之擬訂、提報及執行。
三、工程契約書及工程經費預算之處理。
四、水利工程技術之研究。
五、工程之施工、監造、驗收及移交。
六、工程變更設計、申請工程延期之擬議及陳報。
七、工程進度之控管與工程品質之研究、試驗及控制。
八、施工期間水災防治、職業安全衛生及施工環境保護之審議及處理。
九、防汛材料之製作及管理。
十、其他有關工務事項。