管理機關辦理區域排水設施範圍內之使用許可時，其有關許可事項之審核基準、許可期限及其他管理事項，除本辦法另有規定外，準用河川管理辦法有關河川區域許可使用之規定辦理。

區域排水設施範圍內之使用行為如為防止危害公共安全緊急需要者，得先行為之，但應於三十日內補辦申請許可；管理機關並得於必要時命其採取適當之補救措施後始予許可。

埋設水管、油管、氣管或其他埋設物之頂高應低於該排水斷面最低點及計畫排水渠底高一點五公尺。

其因地形環境特殊，致低於排水斷面最低點有實際困難者，得於採取適當保護措施下，依計畫排水渠底高辦理。

申請排放廢污水使用者，其廢污水應符合水污染防治主管機關訂定之排放水質標準及較放流水標準加嚴之水質項目及限值，並附其同意排放或免申請證明文件。

申請許可使用，應經其他目的事業主管機關核發許可或核准文件者，管理機關得先行核發附停止條件之許可處分，使其得據以取得該等文件。其申請人未於六個月內取得者，該處分自始不生效力。但有特殊原因並經管理機關同意者，得延長之。

申請使用區域排水設施範圍內公有土地應依法繳交使用費、行政規費及保證金；保證金於使用費期滿未展限使用時返還，但應先抵繳其欠繳之使用費及其使用行為所致之損害賠償金。

未依規定期限繳交使用費者，管理機關應於繳納期限屆滿後十五日內以雙掛號催繳，經催繳未在原繳納期限屆滿後三十日內繳清者應即廢止其許可使用；其所積欠之使用費，應於其保證金中扣除。

於區域排水設施範圍內經許可使用者，其使用人對施設之建造物或其使用範圍應負維護管理責任；如造成他人之損害，應負責賠償。

許可期限屆滿或期限屆滿前之停止使用或經廢止許可者，管理機關應限期命使用人整復或回復原狀；逾期仍未整復或回復原狀者，得依本法處罰之。