本署設下列組、室：
一、綜合規劃組，分五科辦事。
二、通報應變組，分四科辦事。
三、輔導培訓組，分四科辦事。
四、稽核檢查組，分四科辦事。
五、法規及國合組，分三科辦事。
六、秘書室，分二科辦事。
七、人事室。
八、政風室。
九、主計室。