主管機關應派員抽查考核補貼計畫之執行情況，每月至少二次。受補貼業者未依核定之補貼計畫執行者，主管機關得依附件三之規定，扣減或中止撥發補貼款。

受補貼業者在同一年度內個別受補貼路（航）線受扣減六個違約基數以上之處分者，除該路（航）線受扣款處分外，主管機關應停止該路（航）線下一年度之補貼申請；主管機關對個別業者同一年度內超過六個違約基數之路（航）線總數達該業者受補貼路（航）線總數一定比例以上者，應停止辦理下一年度該業者之補貼申請。

前項每一違約基數，指受補貼路（航）線之營運里（浬）程數，與受補貼路（航）線單位里（浬）程合理營運成本乘積之值。

主管機關依第一項規定辦理考核所扣減或中止撥發之補貼款，應核給同一年度次一優先順序之申請補貼路線。