本所得設下列研究中心：
一、淡水繁養殖研究中心。
二、海水繁養殖研究中心。
三、沿近海資源研究中心。
四、東港生技研究中心。
五、遠洋資源研究中心。
六、東部海洋生物研究中心。
七、澎湖海洋生物研究中心。

前項研究中心各置主任一人，其餘所需員額，由本所編制員額內派充之。