行政院農業委員會水產試驗所（以下簡稱本所）掌理下列事項：
一、漁場之調查開發、漁具漁法之試驗研究、試驗船之運用維護及船員管理等事項。
二、海洋生物生態與資源之調查研究、漁海況之資料蒐集、分析及發布等事項。
三、漁類、蝦類、貝類、藻類等之種苗繁殖與養殖及魚類生理、生態、魚病之試驗研究等事項。
四、水產物之保藏、冷凍加工及原料化學之試驗研究等事項。
五、水產資訊管理、水產技術服務與訓練、水產有關資料之編纂與教材之製作及圖書管理等事項。