本署次級機關及其業務如下：
一、各地區分署：執行轄區林業及自然保育事項。
二、航測及遙測分署：執行航測及遙測事項。

前項第一款位於原住民族地區之分署，其預算員額中具有原住民身分者不得低於六分之一。但現有員額未達比例者，俟非原住民族人員出缺後，再行進用。