旗南分場掌理事項如下：
一、區域性蔬菜品種之改良及推廣。
二、區域性蔬菜栽培管理技術之研發及推廣。
三、區域性有機農業之研究及推廣。
四、區域性農業氣象資訊之蒐集及應用。
五、其他有關轄區農業改良事項。