海水養殖研究中心掌理事項如下：
一、經濟海水魚貝介類遺傳資源之蒐集及種原保存。
二、經濟海水魚貝介類種原培育、繁養殖技術及系統建構之研發。
三、經濟海水魚貝介類環境友善養殖之研究。
四、經濟海水魚貝介類飼料營養及健康管理之研究。
五、基因改造水產生物田間試驗之研究。
六、其他有關海水養殖研究事項。