會計報告依分送之對象，分下列二類：
一、對內報告：由農業財團法人自行依需要訂定，供管理階層作決策之參考。
二、對外報告：預算書或營運及資金運用計畫及決算書。

對外報告，其編製規定如下：
一、政府捐助之農業財團法人：
（一）應編製預算書（其格式詳如附件一），經董事會通過後，於會計年度開始五個月前（每年七月底前）報送本會，俾核轉立法院審議。
（二）應編製決算書（其格式詳如附件二），經董事會審定，並送全體監察人分別查核，連同監察人製作之前一年度監察報告書，於次年四月十五日前報送本會，俾核轉立法院審議。
二、民間捐助之農業財團法人：
（一）應編製收支營運預計表與營運及資金運用計畫（其格式詳如附件三），經董事會通過後，於每年一月底前報本會備查。
（二）應編製決算書（其格式詳如附件四），經董事會通過，其設有監察人者，並送全體監察人分別查核後，連同監察人製作之前一年度監察報告書，於次年五月底前報本會備查。

農業財團法人在法院登記之財產總額達新臺幣一億元者，其決算書應經會計師查核簽證，會計師查核報告應併同決算書送本會。

農業財團法人應參酌農業財團法人共通性會計科（項）目參考表（附件五），衡酌業務實際需要及交易實況訂定會計科（項）目。

會計報告前後期之會計科（項）目分類必須一致；上期之會計科（項）目分類與本期不一致時，應重新予以分類並附註說明之。