初次申請漁船船員手冊者，應於取得第十一條第一項第一款規定之基本安全訓練結業證書後五年內，填具申請書，並檢附下列文件，向中央主管機關委辦之直轄市或縣（市）主管機關辦理：
一、最近一年內二吋半身正面脫帽照片四張。
二、國民身分證或居留證正本、影本各一份，正本於繳驗後發還。
三、經漁會證明屬實之僱傭承諾書一份。但有第九條第一項規定之無僱傭關係者或第十一條之一第一項第一款或第二款情形者，免附。
四、經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。
五、未成年人應另附法定代理人之一同意書及國民身分證或居留證影本各一份。

漁船船員手冊有效期限為五年；期滿申請換發者，應於期滿前一年內申請換發。