主管機關應就遠洋魚貨出口業者前一年度申報資料，依附件六風險基準表之評分，區分為高度風險、中度風險、低度風險三類，除本辦法另有規定外，並依下列規定辦理稽核：
一、前一年度出口量逾一萬公噸者：每年稽核一次。
二、前一年度出口量逾一千公噸，一萬公噸以下者：每五年稽核一次。
三、前一年度出口量一千公噸以下者：每年按百分之五比率抽查，高度及中度風險者優先稽核。

遠洋魚貨出口業者前一年度無出口附件一所列遠洋漁業漁獲物或漁產品，主管機關得免進行稽核，不受前項規定之限制。

遠洋魚貨出口業者經檢舉有涉及從事或支持非法、未報告及不受規範漁撈作業之交易事項，或其所申請之相關漁獲證明書內容有異常情形，或其風險項目積分提高時，主管機關得隨時進行稽核。