有下列情形之一者，不予核發魚貨來源證明文件：
一、申請人不符合第四條第一項規定。
二、第四條第一項第二款之申請人，經主管機關暫停出口資格。
三、有第七條第二款或第三款規定情事之一。
四、申請量超過卸魚或轉載查核量，或港口國卸魚檢查量；未經查核或檢查且已卸魚者，申請量超過實際卸魚量，未卸魚者，申請量超過轉載確認量。
五、漁船不符合第八條第一項規定。
六、申請人前所取得之魚貨來源證明文件，未依第十一條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。