有下列情形之一者，不予核發輸歐盟漁獲證明書：
一、有第十條第一款至第四款，或第十七條第五款規定情事之一。
二、漁船不符合第二十四條規定。
三、申請人前所取得之輸歐盟漁獲證明書未依第二十八條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。
四、輸歐盟漁獲證明書所載港內轉載簽署機關非港口國權責機關，或確認該簽署非真實。
五、輸歐盟漁獲證明書所載出口商非申請人。

輸歐盟漁獲證明書核發後，經查有前項不予核發情形之一者，主管機關應予撤銷，並通知歐盟及輸入國主管機關。