漁獲證明書遺失、因故未使用或毀損時，申請人應檢附下列文件，主動向主管機關辦理註銷：
一、註銷原因之說明。
二、漁獲證明書正本。但遺失者，免附。
三、漁獲物或漁產品出口後始生註銷原因時，其出口運輸單據影本，及輸出地海關核發之出口報單證明聯或其他相關證明文件。

使用經註銷之漁獲證明書或其影本，屬本條例第十三條第一項第十七款冒用漁獲證明書之行為。