主管機關辦理農會年度考核時，發現農會理事、監事或總幹事有違反法令、章程，嚴重危害農會之情事，應依農會法第四十六條規定辦理；發現農會聘、僱人員有違反法令、章程或業務違失之情事，應令農會依農會人事管理辦法規定辦理。