主管機關年度預算撥款至農田水利事業作業基金之運作，以農田水利事業區域每公頃補助新臺幣六千元至一萬二千元為原則，並得參考下列因素酌予調整：
一、灌溉區域變化、操作維護成本及管理需求。
二、基金年度收支短絀數。