中央或直轄市主管機關依本條例第三十二條之一第二項規定指定治理機關（構）之分工如下：
一、水庫集水區在直轄市行政區域者，由直轄市主管機關指定之。
二、水庫集水區在縣（市）行政區域或跨越直轄市與縣（市）行政區域者，由中央主管機關指定。