本署設下列組、室：
一、淨零推動組，分四科辦事。
二、排放管理組，分四科辦事。
三、減量交易組，分四科辦事。
四、調適韌性組，分四科辦事。
五、碳費推動組，分四科辦事。
六、秘書室。
七、人事室。
八、政風室。
九、主計室。