本法所定直轄市、縣（市）主管機關之主管事項如下：
一、轄內水污染防治計畫之規劃及執行。
二、水污染防治法規之執行與轄內自治法規之制（訂）定、審核、釋示及執行。
三、本法第十一條第一項水污染防治費之使用規劃、管理及執行。
四、轄內水污染防治之研究發展。
五、轄內水污染防治人員之訓練及管理。
六、轄內水污染防治之監測及檢驗。
七、轄內水污染防治調查及統計資料之製作。
八、轄內水污染防治之宣導。
九、其他有關轄內水污染防治事項。