本基金之用途如下：
一、地面水體污染整治與水質監測。
二、飲用水水源水質保護區水質改善。
三、水污染總量管制區水質改善。
四、水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。
五、執行收費工作所需人員之聘僱。
六、辦理各項水污染防治工作之貸款信用保證。
七、其他有關水污染防治工作。

本基金來源屬前條第三款者，應優先支用於該違反本法義務者所污染水體之整治。