大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，主管機關依下列規定處置：
一、進入限制水域者，予以驅離；可疑者，命令停船，實施檢查。驅離無效或涉及走私者，扣留其船舶、物品及留置其人員。
二、進入禁止水域者，強制驅離；可疑者，命令停船，實施檢查。驅離無效、涉及走私或從事非法漁業行為者，扣留其船舶、物品及留置其人員。
三、進入限制、禁止水域有塗抹或隱蔽船名、無船名、拒絕停船受檢、從事漁撈或其他違法行為者，得扣留其船舶、物品及留置其人員。
四、前三款之大陸船舶有拒絕停船或抗拒扣留之行為者，得予警告射擊；經警告無效者，得直接射擊船體強制停航；有敵對之行為者，得予以擊燬。

前項第二款、第四十三條第一項第二款及第四十五條所稱非法漁業行為，指使用毒物、炸藥或其他爆裂物、電氣或其他麻醉物採捕水產動植物。