依前條規定扣留之船舶，由有關機關查證其船上人員有下列情形之一者，沒入之：
一、搶劫臺灣地區船舶之行為。
二、對臺灣地區有走私或從事非法漁業行為。
三、搭載人員非法入境或出境之行為。
四、對執行檢查任務之船艦有敵對之行為。

扣留之船舶有塗抹或隱蔽船名、無船名、拒絕停船受檢、從事漁撈、其他違法行為，或經主管機關查證該船有被扣留二次以上紀錄者，得沒入之。

扣留之船舶無前二項所定情形，且未涉及違法情事者，得予以發還。