綜合規劃處掌理事項如下：
一、整體大陸事務之政策研究、評估及規劃。
二、中國大陸情勢、對臺政策與兩岸互動、協商之整體研析及規劃。
三、兩岸關係涉外事務之整體情勢研析及規劃。
四、各機關及地方政府推動大陸工作業務之整體協調、聯繫。
五、兩岸關係民意調查與相關資訊蒐整、規劃運用及服務。
六、國內外研究機構聯繫、交流及合作。
七、其他有關兩岸整體情勢研判及政策規劃事項。