主任秘書之權責如下：
一、關於各處、室文稿之綜核及代判。
二、關於特定機密及重要文件之處理。
三、關於各處、室業務之協調及權責問題之核議事項。
四、關於主任委員、副主任委員不在會對會務之代理事項。
五、其他交辦事項。