書記處設下列科，承長官之命，辦理各該科主管事務。
一、紀錄科，或視業務需要，各設高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科；其設有專業法庭者，得各設專業法庭紀錄科。各紀錄科視業務需要，並得分設一科至三科。
二、文書科。
三、研究發展考核科。
四、總務科。
五、訴訟輔導科。
六、置法警長一人、法警若干人，必要時得置副法警長一人；法警管理依法警管理辦法之規定，其他作業要點及執行職務注意事項由高等行政法院另定之。

除前項規定外，院長得視業務之需要，以命令設審查科、資料科或指定專人辦理之。

書記處各科置科長一人，書記官若干人，其事務繁者，得分股辦事；設有審查科、資料科者，其科長或股長之指派，程序亦同。

前項科長由院長報請司法院就一等書記官指派兼任之；股長由院長就所屬一等或二等書記官指派兼任之。

書記處置通譯、法警、執達員、錄事、庭務員若干人，辦理有關通譯、警衛、送達及值庭等事務。